众多研究汇报，经过合理的药物治疗后，小儿癫痫的缓解率可达50~80%，3年以上无复发率达75.9%。此外尚有15~25%的患儿经治疗后发作明显减少，因而药物治疗的总约为80~90%。在其余药物难以控制发作的少数难治性癫痫中，有一部分可通过外科手术控制发作。
小儿癫痫的预后取决于多种因素，如病因、发作类型、发作严重程度、年龄、脑电图改变、治疗早晚等。对每一例癫痫患儿预后的评估必须根据个体特点，进行分析。
癫痫起病后早期开始治疗可减少复发，减轻惊厥性脑损伤，有助于改善预后。规律用药的疗程长短可影响停药后的复发率，疗程长则复发率低。成人癫痫经过治疗而停药后，约40%在5年内有复发。小儿癫痫在发作控制后继续服药4年者，停药后复发的比例降到25%。一般来说病程长、有神经系统异常、脑电图异常、智力低下及症状性癫痫病因未去除的患者复发率高；病程短、及时药物治疗控制发作的患者复发率低。
除少数经正规抗癫痫治疗难以控制发作的患儿应尽早手术治疗外，绝大多数的小儿癫痫若诊断正确，药物治疗得当，预后效果都是良好的。
